Em setembro de 2000, Ariel Sharon, líder do direitista Likud em campanha para premiê, vai à Esplanada das Mesquitas. Começa a Segunda Intifada. Atentados terroristas, ataques israelenses e confrontos deixam 5.000 palestinos e 1.000 israelenses mortos em quatro anos.
Sharon, eleito premiê em 2001, funda o partido Kadima, que promete abrir mão da "Grande Israel". Em 2002, ele começa construção do muro entre Israel e Cisjordânia. O muro reduz a quase zero os atentados em Israel, mas anexa grandes porções do território palestino.
Em 2004, Arafat morre; é substituído na Presidência da ANP por Mahmoud Abbas, do Fatah, eleito em 2005 Em 2005, Israel retira soldados e 8.000 colonos de Gaza, mas mantém controle sobre fronteiras marítimas e terrestres do território. Na Cisjordânia e em Jerusalém Oriental são mantidos 400 mil colonos.
Sharon entra em coma em 2006 e é substituído por Ehud Olmert. Hamas vence eleições legislativas palestinas de janeiro de 2006; seu gabinete é boicotado por Israel e pelo Ocidente, que classificam o grupo como terrorista.
Em 2007, combates entre Hamas e Fatah levam à expulsão do Fatah de Gaza. ANP nomeia novo gabinete, que só tem voz em parte da Cisjordânia. Israel inicia cerco econômico a Gaza. Hamas usa túneis na fronteira egípcia para contrabandear alimentos, combustível e armas. O grupo e facções ultrarradicais, como Jihad Islâmica, aumentam ataques com foguetes contra Israel.
Trégua mediada pelo Egito entre Israel e Hamas vigora entre junho e dezembro de 2008. Nenhum dos dois lados cumpre estritamente o acordo.


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