A despeito da reformulação que vem sendo feita no Ministério da Saúde, com a substituição de militares por profissionais da área da Saúde, Marcelo Queiroga manteve uma ala conhecida por seus posicionamentos controversos, que tem como destaque Mayra Pinheiro, secretária de Gestão do Trabalho.

Conhecida como capitã cloroquina, ela é o elo entre o Ministério da Saúde e os defensores do tratamento precoce para a Covid-19 (sem eficácia comprovada e com relatos de efeitos danosos).

Mayra foi responsável por montar uma caravana com médicos de todo o Brasil para fazer uma ronda por Manaus e instruir os profissionais locais a receitar medicamentos como hidroxicloroquina e ivermectina. Financiada com dinheiro público.

Desde a chegada de Queiroga, Mayra diminuiu a frequência de suas campanhas em defesa do tratamento precoce nas redes sociais. No entanto, em 31 de março compartilhou publicação de movimento do Ceará, seu estado de origem, que instalou outdoor em defesa do atendimento precoce.

Queiroga já disse que não existe tratamento precoce para a Covid-19 e tem atuado para que a pasta se afaste do tema.

Além dela, permanecem na pasta o olavista Hélio Angotti Neto (secretário de Insumos Estratégicos) e Raphael Parente (secretário de Atenção Primária), próximo da ministra Damares Alves (Direitos Humanos) e defensor da abstinência sexual.

O primeiro defendeu o tratamento precoce em ocasiões variadas ao longo do último ano.

Em evento de que participou em janeiro em Manaus, Parente teria dito, segundo relato da médica Helen Brandão (membro da caravana em defesa do tratamento precoce montada por Mayra Pinheiro), que "deixar de atender o doente precocemente já virou caso de polícia e punição ética aos médicos."

Em nota ao Painel enviada à época, a assessoria de imprensa de sua secretaria afirmou que a colocação dizia respeito "à orientação de que, a qualquer sintoma de síndrome gripal, o paciente deve procurar o médico e ele deve ser atendido, e não apenas orientado a voltar pra casa sem procurar atendimento médico, nem a ficar em casa até sentir falta de ar sem igual atendimento."

Nesta segunda-feira (19), em nota, disse que "o secretário não se manifestou ou indicou o tratamento precoce. O posicionamento dele é de que o médico tem autonomia para indicar a melhor conduta do paciente, portanto ele não defenderá o uso de qualquer outro medicamento."​