Ao deixar o cargo de controlador da Prefeitura de São Paulo, Guilherme Mendes afirmou que a administração possui um sistema estruturado de corrupção que opera independentemente do partido ou da pessoa que estiver à frente dela. ​A declaração foi feita em entrevista à rádio CBN. 

“Nesses meses em que eu estive na Controladoria, percebi que existe um sistema estruturado que atende a interesses difusos de diversos partidos e diversas agremiações. Você tem práticas corriqueiras. Por exemplo: cobrar dinheiro de ambulantes, deixar de fazer notificações, fazer notificações e multas a menor. Isso tudo muitas vezes ocorre com servidores que estão ali e que trabalharam e vão continuar trabalhando com diversas administrações de diversos partidos”. 

“Existem servidores, sim, que estão ali para fazer negócios, para corromper e para serem corrompidos. E não tem uma coloração político-partidária”, continua ele. “Eles estão ali para proveito deles ou para sistemas outros que a gente vai desvendando ao longo dos casos. Acho que desde sempre”.

Mendes chefiou a Controladoria-Geral do Município por oito meses até ser demitido pelo prefeito Bruno Covas. Nesse tempo, diz ter identificado algumas pastas mais sensíveis à prática de corrupção, citando as secretarias da Saúde e da Educação, que seriam mais ”apetitosas” por terem recursos em abundância. 

Sobre casos específicos, ele revelou um esquema de desvio que envolveria mais de 30 empresas de áreas sociais e teria resultado em um rombo de R$ 50 milhões aos cofres. “As entidades recebem dinheiro público de acordo com suas expertises. E muitas vezes elas não prestavam os serviços em suas totalidades ou da forma como eram pagas e ficavam com esse excedente. O que havia era a não fiscalização”, afirma. 

Segundo a prefeitura, a investigação foi aberta por iniciativa da própria Secretaria de Direitos Humanos e Cidadania para apurar projetos financiados pelo fundo —em gestões anteriores— cujas prestações de contas não foram apresentadas corretamente. A apuração continua. 

Uma das investigações mais importantes tocadas por Mendes no comando da Controladoria, no entanto, é a da PPP (parceria público-privada) da iluminação pública de São Paulo, cujo contrato está atualmente suspenso por determinação da Justiça após vazamento de áudios do departamento de iluminação apontarem favorecimento. 

Mendes avalia, também na entrevista, que o pedido da Controladoria para que a gestão suspendesse a PPP da iluminação pode ter pesado em sua demissão. “Essa é apenas uma das divergências inúmeras que acontecem. Não digo que tenha sido a maior do ponto de vista conceitual. Mas sem dúvida foi a que mais repercutiu dada a natureza e a grandeza desse contrato. Nós estamos falando do maior contrato da história”. 

A prefeitura afirmou, em nota, que "a imensa maioria dos servidores públicos municipais trabalha com dedicação e seriedade. Todas as denúncias de corrupção ou irregularidades são investigadas com máximo rigor, como bem sabe o ex-controlador, pois esta foi a orientação recebida por ele". 

Com a saída de Mendes, o novo controlador-geral será Gustavo Ungaro, ex-ouvidor-geral do Estado, que, segundo a prefeitura, deve fortalecer as atividades do órgão. "Ungaro é um dos especialistas mais conceituados em controle interno do país e assume a Controladoria-Geral do Município com a missão de aprofundar o bom trabalho que vem sendo feito", afirma.