A competição mais importante entre clubes da Europa é disputada em nove fases. A competição tem início no dia 3 de julho de 2012 e termina no dia 25 de maio de 2013.
Primeira eliminatória
As quatro piores equipes classificadas no ranking da Uefa se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta. Os vencedores avançam para a segunda eliminatória. Os gols marcados como visitante são utilizados como critério de desempate. Se houver igualdade nos dois confrontos, a vaga é decidida na prorrogação ou, persistindo o empate, nos pênaltis. Estes critérios valem para todas as fases eliminatórias.
Segunda eliminatória
As duas equipes classificadas na primeira eliminatória se juntam a outras 32 equipes pré-classificadas e se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta. Os vencedores avançam para a terceira eliminatória.
Terceira eliminatória
As 17 equipes classificadas na segunda eliminatória se juntam a outras 13 pré-classificadas e se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta.. Os vencedores avançam para a quarta eliminatória.
Quarta eliminatória
As 15 equipes classificadas na terceira eliminatória se juntam a outras cinco pré-classificadas e se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta. Os vencedores avançam para a fase de grupos.
Fase de Grupos
As dez equipes classificadas na terceira eliminatória se juntam as outras 22 equipes para formar os oito grupos desta fase. Cada chave tem quatro equipes que disputam seis jogos entre si, em casa e fora, entre setembro e dezembro. Os dois primeiros colocados se classificam para as oitavas de final.. Os terceiros vão disputar as oitavas de final da Liga Europa.
Oitavas de final
As 16 equipes classificadas na fase de grupos se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta. Os primeiros colocados enfrentam os segundos de cada chave, desde que duas equipes do mesmo país não se enfrentem. Os vencedores avançam para as quartas de final.
Quartas de final
As oito equipes classificadas nas oitavas de final se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta. Os vencedores avançam para a semifinal.
Semifinal
As quatro equipes classificadas nas quartas de final se enfrentam em jogos eliminatórios de ida e volta. Os vencedores avançam para a final.
Final
As duas equipes classificadas decidem o título em jogo único. Nesta temporada, a decisão será em Wembley, em Londres, na Inglaterra, no dia 25 de maio de 2013.