O filme divide-se em duas partes, aparentemente distintas. Na primeira, o cineasta Manoel percorre antigos caminhos, sondando lugares marcantes de sua vida -o colégio onde estudou quando criança, um velho hotel abandonado, palco dos primeiros amores. Trata-se de um movimento, digamos, proustiano, tentativa de compreender a vida com a ajuda da memória. Nesse caminho, o espectador tropeça na beleza, intensificada pela melancolia da saudade. Afinal, tudo ainda está lá, mas em estado de ruína. À memória, resta o trabalho de preencher os vazios impostos pelo tempo. Até esse ponto, a ''Viagem ao Princípio do Mundo'' realiza-se em sentido literal.

O cineasta Manoel, contudo, insiste que falta algo a encontrar. Uma imagem perdida. A estátua de Pedro Macau, que funciona como símbolo da condição humana, em geral, e portuguesa, em particular, com um eterno fardo a carregar e sem poder se livrar dele, sob o risco de se aniquilar. Esse ponto alto do filme serve também de passagem para o segundo ato.

A partir daí, o ''princípio do mundo'' amplia seu significado. Na companhia de Manoel, e até então quase em silêncio, viaja Afonso, um ator francês que também busca suas origens portuguesas. Filho de um imigrante, Afonso participa da viagem para reencontrar a família de seu pai. Num ''fim do mundo'', em meio a cabras, onde sobrevive uma aldeia, habitada só por velhos, é a vez de Afonso reencontrar sua origem. Uma força cômica nasce da incapacidade de a velha tia de Afonso compreender ''por que ele não fala a nossa língua''.

Por trás dela, Oliveira constrói com ironia sua visão da União Européia e do lugar subordinado que Portugal ocupa nela. Ela é, sobretudo, um desdobramento político da outra viagem, a existencial, ambas em luta contra o esquecimento, um último adeus à identidade condenada, a Portugal, em suma. Nesse momento de síntese entre o passado e o presente, Oliveira reitera, para os ainda reticentes, porque ele é o maior cineasta vivo.