A Folha circulou pela primeira vez em 19 de fevereiro de 1921, com o título Folha da Noite. O vespertino foi criado, sob a liderança de Olival Costa e Pedro Cunha, por um grupo de jornalistas que até então atuava em O Estado de S. Paulo. Dirigia-se a leitores urbanos de classe média, que o novo jornal conquistou graças ao estilo mais leve e informativo que o dos concorrentes. Com o sucesso da iniciativa, o grupo lançou outro título, a Folha da Manhã, em 1º de julho de 1925. As duas publicações eram permeáveis à influência de imigrantes e outras camadas sociais ascendentes.

Em 1930, numa guinada editorial, a empresa se posicionou contra a revolução empreendida por Getúlio Vargas, e sua sede foi invadida e depredada por partidários do líder gaúcho. As Folhas terminaram vendidas a Octaviano Alves de Lima, fazendeiro e comerciante que tencionava aproximá-las da agricultura exportadora de São Paulo. Frustrado, porém, com a experiência na imprensa, ele se afastou dos jornais. A exemplo da maioria das publicações paulistas da época, as Folhas mantiveram nesse período uma linha política avessa ao governo varguista, logo convertido na ditadura do Estado Novo (1937-1945).

Em 1945, os jornais mudaram de mãos pela terceira vez. Foram comprados pelo fazendeiro Alcides Ribeiro Meirelles, o advogado José Nabantino Ramos e o administrador Clóvis Queiroga. Nos bastidores do negócio, articulado sob os auspícios do próprio Getúlio Vargas, estava o industrial de origem italiana Francisco Matarazzo, interessado em contra-atacar seu arquirrival Assis Chateaubriand, dono dos Diários Associados. Ao governo central convinha incentivar veículos que concorressem com O Estado de S. Paulo, adversário irredutível do varguismo.

Impedido de assumir um veículo de informação por ser estrangeiro, Matarazzo foi representado por Queiroga, seu colaborador. José Nabantino foi indicado pelo interventor do estado de São Paulo, Fernando Costa, a pedido de Getúlio. À frente da Redação, Nabantino concebeu uma estratégia para anular a influência de Matarazzo: passou a debitar da conta do industrial o prejuízo acumulado pela empresa com a política, por ele determinada, de preços baixos (cujo objetivo era combater os jornais de Chateaubriand). Quando as perdas infligidas às Folhas superaram o investimento feito por Matarazzo, Nabantino alcançou afastá-lo do empreendimento.

Aficionado por técnicas gerenciais, o advogado introduziu regras editoriais e de estilo na Redação, inaugurou programas de qualidade e de recrutamento de jornalistas e, em 1949, criou mais um periódico, a 'Folha da Tarde'. Os três jornais se consolidaram em um só, matutino, publicado pela primeira vez em 1º de janeiro de 1960: a Folha de S.Paulo. Apesar da boa circulação do jornal, que disputava com o Diário de São Paulo a vice-liderança na imprensa paulista, a empresa enfrentava dificuldades financeiras e, dois anos depois, foi comprada por Octavio Frias de Oliveira e Carlos Caldeira Filho.

Com experiência nos setores financeiro e imobiliário, Frias saneou as contas da Folha, e os sócios diversificaram os negócios. Investiram em distribuição, transformaram o parque gráfico no mais moderno do país e adquiriram os jornais Notícias Populares e Última Hora, além de parte da TV Excelsior. Passaram a administrar a rádio Gazeta e os periódicos Gazeta e Gazeta Esportiva, veículos da Fundação Cásper Líbero, presidida por Octavio Frias na transição dos anos 1960 para 1970. Lançaram ainda a Cidade de Santos e relançaram, em 1967, a Folha da Tarde.

Sensível aos prenúncios de abertura política, a Folha, por iniciativa de Frias, franqueou suas páginas a articulistas de todos os matizes ideológicos a partir de meados da década de 1970, ainda em plena ditadura militar. Criou em 1976 a seção Tendências/Debates, atraindo intelectuais, e passou a reportar violações de direitos humanos. Dois anos depois, definiu as diretrizes do que seria o Projeto Folha, defendendo o aperfeiçoamento técnico e o apartidarismo.

Passou a apoiar a convocação de uma assembleia constituinte e o restabelecimento das eleições diretas para a Presidência da República, antes mesmo que esse movimento tomasse as ruas. A Folha tornou-se conhecida como "o jornal das diretas", e a campanha a consolidou como uma das principais forças formadoras da opinião pública no período.

Em 1984, com Otavio Frias Filho na Direção de Redação, o jornal implantou seu Projeto Editorial, que sintetizava as experiências do período anterior ao preconizar um jornalismo crítico, pluralista e apartidário pilares que se mantêm até hoje. No mesmo ano, como parte do Projeto Folha, publicou o "Manual da Redação", o primeiro no país disponível ao público geral. Também instituiu concursos para contratação, passou a fazer controle de erros, implantou sistemas de avaliação interna e cursos de formação jornalística.

A partir de 1986, consolidou-se como o jornal de prestígio mais vendido do Brasil. Tornou-se, em 1989, o primeiro veículo de comunicação do país a ter um ombudsman, jornalista encarregado de receber, investigar e encaminhar queixas de leitores e analisar a qualidade do jornal.

A Folha enfrentou pressões corporativas ao sustentar que a obrigatoriedade do diploma de jornalismo (em vigor de 1969 a 2009) feria a Constituição de 1988. O Datafolha, criado em 1983 pela empresa, consolidou-se como um dos principais institutos de pesquisa de opinião e de mercado. Em julho de 1995, a empresa lançou a FolhaWeb, primeiro site de notícias em tempo real. Um ano depois, criou o portal de internet UOL, por iniciativa de Luiz Frias, que assumira em 1992 a presidência da Empresa Folha da Manhã S.A..

Escorada na saúde financeira do grupo empresarial, a Folha foi o primeiro veículo no Brasil a adotar novo modelo de negócios para o jornalismo digital o paywall poroso, em que o acesso ao noticiário online é gratuito até certo limite de textos. Também lançou o primeiro aplicativo para smartphone, criou sites internacionais, com noticiário traduzido para o espanhol e o inglês, e vem desenvolvendo trabalho de videojornalismo na internet por meio da TV Folha.

Em março de 1999, lançou o jornal Agora, voltado sobretudo ao segmento mais popular do público paulistano. Também lançou, em maio do ano seguinte, o jornal especializado Valor Econômico, em parceria com o Grupo Globo, que assumiria, em setembro de 2016, o controle desse periódico.

A Folha vem sustentando uma linha de fiscalização crítica em relação a todos os governos. Define-se como veículo de inspiração liberal, reformista e aberto à pluralidade de tendências. Seu sucesso editorial foi o alicerce para empreendimentos em diferentes áreas. Controlado apenas pela família Frias desde 1991, o Grupo Folha reúne hoje cinco empresas, que atuam em produção de conteúdo, logística, meios de pagamento, armazenamento de dados, ensino a distância e no setor gráfico.