E m 1905, dificuldades financeiras forçaram Carlos Chagas (1879-1934) a aceitar uma missão em Santos para combater a malária, endêmica entre os trabalhadores empregados para a construção do porto.
Em Itatinga, um pequeno povoado das vizinhanças, Chagas empreendeu a primeira campanha brasileira bem-sucedida para o controle da malária. Em lugar de empregar a técnica de destruir as larvas, ele usou o píretro para desinfetar as casas e, dessa forma, obteve um sucesso surpreendente. Publicou sua técnica em "Prophylaxia do Impaludismo", um trabalho que foi ressuscitado 40 anos depois como um guia para o uso dos novos inseticidas sintéticos.
Em 1909, Cruz pediu a Chagas que se incumbisse de uma nova campanha contra a malária no povoado de Lassance, a cerca de 600 km do Rio, que era, naquela época, o terminal da projetada Estrada de Ferro Central do Brasil. Chagas permaneceu em Lassance por dois anos (1909-10), vivendo em um vagão de trem. Durante esse período, descobriu e descreveu a doença que leva o seu nome.
Poucos dias depois de sua chegada a Lassance, a atenção de Chagas foi atraída para o grande número de insetos que infestavam as paredes de pau-a-pique das moradias. Ao examiná-los, constatou que os insetos freqüentemente abrigavam um tripanossomo.

Do gato ao homem
Chagas identificou esse tripanossomo como um novo gênero e espécie e propôs denominá-lo Schizotrypanum Cruzi (geralmente conhecido como Trypanosoma Cruzi), o nome da espécie em homenagem a seu amigo e professor. Em seguida, verificou a patogenicidade desse tripanossomo em macacos, cães e gatos. A infectividade positiva do tripanossomo nesses animais levou-o a considerar que tal infecção em seres humanos explicaria o padrão da doença que encontrara na região.
Chagas então pesquisou a presença do tripanossomo em sangue humano; ele o encontrou numa paciente pediátrica que apresentava os sintomas de uma infecção aguda.