Segundo o Ministério Público Federal, Baldy é um dos investigados por um "esquema que apura pagamento de vantagens indevidas a organização criminosa que negociava e intermediava contratos em diversas áreas". Ele foi um dos alvos de seis mandados de prisão temporária expedidos pela 7ª Vara Federal do Rio de Janeiro, comandada pelo juiz Marcelo Bretas.

A permanência de Baldy no posto já era dada como encerrada dentro do Palácio dos Bandeirantes desde a notícia da prisão. No início da tarde, assessores de Doria se preparavam para anunciar a sucessão.

Depois que a coluna Painel S.A. publicou que a decisão de Doria pela saída de Baldy já estava tomada, o governo divulgou uma nota dizendo que o secretário não foi afastado. A espera dentro do governo era que o próprio Baldy pediria para sair.

Foi assim com o ex-chanceler Aloysio Nunes Ferreira (PSDB), que, alvo de uma fase da Lava Jato em fevereiro de 2019, pediu demissão da presidência da Investe SP na gestão Doria. O ex-prefeito Gilberto Kassab, por sua vez, pediu licença da Casa Civil de Doria porque foi alvo de acusações de caixa dois.​

A pasta será comandada temporariamente pelo secretário-executivo Paulo Galli.

Em nota divulgada após a prisão de Baldy, Doria disse que a investigação não tem relação com a atuação dele em seu governo e que o secretário saberá esclarecer os fatos.